298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0040 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  111  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  111  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  103  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  103  7e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  93.85 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  93.85 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  93.85 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  92.54 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  89.87 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  92.54 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0055  tRNA-Ser  90.28 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317124  normal  0.494486 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  91.04 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  86.9 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  89.33 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  92.16 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0106  tRNA-Ser  87.34 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.750224  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  92.16 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  90.16 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  86.84 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  95 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1765  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.393275  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  88.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2089  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.835616  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0060  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000793536  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0059  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00206074  hitchhiker  0.00144451 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2453  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0022  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.058085  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4234  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.460251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4233  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0023  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0042  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121503  normal  0.0171671 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1742  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0902657  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  88.33 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0057  tRNA-Ser  88.33 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.159641  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  88.33 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0051  tRNA-Ser  88.33 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.656743  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5672  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000146838  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0078  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000549409  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>