105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0052 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  91.95 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  91.95 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 91 bp  105  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  92.96 
 
 		 88 bp  101  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  92.96 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  92.96 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  92.96 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  92.96 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  92.96 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  90.79 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  88.46 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0012  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.374525 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0066  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0017  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000565076  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0039  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0742703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  86.54 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0048  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877859  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  85.07 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  82.28 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  82.28 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  84.75 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0028  tRNA-Asp  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000351463  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0054  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.6985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0003  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.231974 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000256328  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0075  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0265874  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0089  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0085  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>