143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_R0054 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.6985  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  92.63 
 
 		 95 bp  133  7.999999999999999e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0039    89.89 
 
 		 94 bp  97.6  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0042  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 94 bp  97.6  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.245676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0039  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 94 bp  97.6  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0368673  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0038  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 94 bp  97.6  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0537085  normal  0.0209317 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0040  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 94 bp  97.6  5e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA23  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 94 bp  97.6  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0658425  normal  0.252168 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0023  tRNA-Ser  89.89 
 
 		 94 bp  97.6  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309507  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 93 bp  93.7  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0030  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 94 bp  89.7  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0018  tRNA-Ser  88.76 
 
 		 94 bp  89.7  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0346344 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  89.7  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.80963  normal  0.240218 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0042  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.810595  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0038  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125413  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.505104  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  95.83 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0026  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.548362  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 94 bp  69.9  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0032  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0075389 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0041  tRNA-Ser  89.8 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.416329 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0020  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000608606  hitchhiker  0.0000000136932 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.443501 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4242  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.139053  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000530132  hitchhiker  0.00450232 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3212  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000867673  hitchhiker  0.00385605 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0070  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0085  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000256328  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 86 bp  50.1  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0075  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0265874  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0043  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000118785  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0102  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0089  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0055  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0008  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0084  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.242329  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0091  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0053  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451369  hitchhiker  0.000135525 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 96 bp  48.1  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04660  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.321239  normal  0.959578 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA56  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00168094  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R71  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000974283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>