59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0021 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  95.6  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  97.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  89.55 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000268817  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0092  tRNA-Ser  88 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.2204  hitchhiker  0.0044365 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0032  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0576643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0031  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0583145  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0027  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000000768741  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0054  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.6985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-2  tRNA-OTHER  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.520192  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60450  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.287736  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>