298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0046 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0045  tRNA-Ser  97.65 
 
 		 92 bp  153  8.999999999999999e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0033  tRNA-Ser  94.57 
 
 		 92 bp  143  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000268817  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0032  tRNA-Ser  94.57 
 
 		 92 bp  143  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0576643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0031  tRNA-Ser  94.57 
 
 		 95 bp  143  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0583145  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  94.2 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  92.75 
 
 		 89 bp  89.7  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  85.33 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 94 bp  60  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  84 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t35  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.919429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0007  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000441599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  100 
 
 		 126 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>