186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_R0031 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0583145  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000268817  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  182  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0576643  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  94.57 
 
 		 92 bp  143  9e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0045  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  89.86 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  88.41 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00220081 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0081  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000993348  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0054  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  82.67 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 94 bp  46.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  82.67 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0041  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000391887  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 94 bp  46.1  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0040  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0721486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 94 bp  46.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 93 bp  46.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 94 bp  46.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 94 bp  46.1  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  46.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>