67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_R0013 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0050  tRNA-Ser  86.84 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.850223 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0054  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  83.15 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  84.93 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0048  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60420  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  82.02 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  84.27 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0015  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00194399  normal  0.157065 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t51  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00175911  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA25  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0856542  normal  0.0232979 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R24  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.902283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0033  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000268817  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0032  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0576643  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0031  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0583145  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0046  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0055  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0022  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.155688  normal  0.486263 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-2  tRNA-OTHER  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.520192  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>