296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_R0061 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  115  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0053  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t35  tRNA-Ser  90.8 
 
 		 87 bp  109  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0020  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.417129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  87.93 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 95 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 95 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0049  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53957 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0010  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000388656  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0021  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.146581  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309091  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309106  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.194122  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0833  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309071  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309122  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309189  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>