202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_R0055 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  83.8  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t35  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0020  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.417129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0016  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000309331  unclonable  0.0000000000000213015 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0054  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000515355  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000207879  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000107313  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000000115188  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118719  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309262  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3071  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21271  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0028  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.343811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1566  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.220186  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0795  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2627  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105865  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2985  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164752  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3037  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1985  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  82.56 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.926323  normal  0.128677 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>