296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_R0026 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 92 bp  139  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t35  tRNA-Ser  94.25 
 
 		 87 bp  133  7.999999999999999e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0053  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0047  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.548242 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.713884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0002  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309197  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.159743  normal  0.113678 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0021  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.146581  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0020  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.417129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0002  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0010  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000388656  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309091  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309165  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0042  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000190684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0015  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0656  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0038  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>