231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_R0060 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000000115188  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0033  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000207879  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0033  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000107313  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0015  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118719  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  88.17 
 
 		 93 bp  81.8  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0007  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000625255  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.3235  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_626  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000515355  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0010  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.812149  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309347  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233561 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309256  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123875 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0005  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.183789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>