233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0037 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  94.19 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  91.86 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  91.86 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  91.86 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  91.86 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  92.05 
 
 		 91 bp  105  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  89.53 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 89 bp  99.6  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  91.86 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  97.6  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  91.7  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682729 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0038  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0038  tRNA-Ser  97.37 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0054  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer02  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.111902 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0016  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000309331  unclonable  0.0000000000000213015 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0053  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0054  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000391887  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0040  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0001  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  100 
 
 		 126 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  82.56 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00474021  normal  0.100605 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.216172  normal  0.054895 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.926323  normal  0.128677 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>