298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_R0044 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  97.78 
 
 
90 bp  163  9e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  95.56 
 
 
90 bp  147  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  95.56 
 
 
90 bp  147  5e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  95.56 
 
 
90 bp  147  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  94.44 
 
 
90 bp  139  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 
90 bp  139  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  94.44 
 
 
90 bp  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  94.44 
 
 
90 bp  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  94.44 
 
 
89 bp  131  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  131  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  94.44 
 
 
88 bp  123  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  93.33 
 
 
88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  91.86 
 
 
90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  91.21 
 
 
91 bp  109  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  91.21 
 
 
91 bp  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  91.21 
 
 
91 bp  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  91.21 
 
 
91 bp  109  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  91.21 
 
 
91 bp  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  91.21 
 
 
91 bp  109  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  92.22 
 
 
88 bp  107  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  92.22 
 
 
88 bp  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  90 
 
 
90 bp  107  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  92.22 
 
 
88 bp  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  90.91 
 
 
88 bp  103  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  91.21 
 
 
90 bp  101  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  90.22 
 
 
91 bp  97.6  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0008  tRNA-Ser  89.66 
 
 
91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.682729 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  97.78 
 
 
91 bp  81.8  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  95.56 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0014  tRNA-Ser  85.06 
 
 
87 bp  69.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0936822 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  85.71 
 
 
91 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0054  tRNA-Ser  85.06 
 
 
87 bp  69.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  84.44 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  84.44 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0053  tRNA-Ser  84.44 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0038  tRNA-Ser  97.37 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  84.44 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  84.44 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0038  tRNA-Ser  97.37 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  84.44 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  86.96 
 
 
92 bp  65.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  63.9  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  63.9  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  87.3 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  87.3 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  87.3 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  84.44 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0050  tRNA-Ser  83.33 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.850223 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0876919  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.317107  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_627  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 
94 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000273575 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  58  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0203924  normal  0.277974 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 
96 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.595817 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2055  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.311721  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  58  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.796085  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 
96 bp  58  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 
94 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 
96 bp  58  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0340813  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 
87 bp  58  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    96.88 
 
 
90 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0016  tRNA-Ser  92.5 
 
 
87 bp  56  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000309331  unclonable  0.0000000000000213015 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  96.88 
 
 
90 bp  56  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>