296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0001 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  147  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0053  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  107  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t35  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3071  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21271  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1985  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1566  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.220186  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3037  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0028  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.343811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2985  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164752  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2627  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105865  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0795  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0016  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000309331  unclonable  0.0000000000000213015 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  63.9  0.000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0014  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0037  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.489158 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0021  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.146581  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309091  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>