136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0011 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  84.93 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t35  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.510614  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  82.56 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0023  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.290353  normal  0.259608 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0053  tRNA-Ser  82.56 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer02  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.111902 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000379468  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000406905  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0081  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000993348  decreased coverage  0.0000000440433 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60420  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 94 bp  48.1  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309074  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309125  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309192  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309256  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123875 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309150  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0035  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.168355  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0004  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.020254  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0017  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00474021  normal  0.100605 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0020  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000608606  hitchhiker  0.0000000136932 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000329774  hitchhiker  1.7085e-24 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0039  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000237052  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0041  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000391887  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0031  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0583145  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>