295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0006 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 89 bp  67.9  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  65.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0063  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.6315500000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  100 
 
 		 126 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0076  tRNA-Ser  87.18 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0040  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer02  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.111902 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000391887  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0054  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000329774  hitchhiker  1.7085e-24 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00474021  normal  0.100605 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>