298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_R0038 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 92 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  69.9  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4560  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0913747  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0051  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.573916  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0010  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.710813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  95 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0448  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.359663  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000391887  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  93.02 
 
 		 126 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2302  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0031267  hitchhiker  2.33425e-18 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  84.95 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>