137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0056 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  93.06 
 
 
90 bp  103  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  91.67 
 
 
87 bp  95.6  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  89.66 
 
 
85 bp  85.7  0.000000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  91.04 
 
 
90 bp  85.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  95.92 
 
 
87 bp  81.8  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  92.31 
 
 
90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  87.5 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    92.16 
 
 
90 bp  69.9  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  92.16 
 
 
90 bp  69.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  92.16 
 
 
90 bp  69.9  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  92.16 
 
 
90 bp  69.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  90.74 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0050  tRNA-Ser  86.76 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.850223 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  86.76 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  90.38 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  88.14 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  90.2 
 
 
87 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  83.91 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  88.14 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  88.14 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  88.89 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  86.89 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  86.89 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0019  tRNA-Ser  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309077  tRNA-Ser  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.537864  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309109  tRNA-Ser  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.701033  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309153  tRNA-Ser  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  94.44 
 
 
87 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.595817 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  84.72 
 
 
90 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  88.46 
 
 
90 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  96.77 
 
 
88 bp  54  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  88.24 
 
 
87 bp  54  0.000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  86.44 
 
 
90 bp  54  0.000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  96.77 
 
 
93 bp  54  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 
87 bp  54  0.000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  94.12 
 
 
90 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 
88 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 
96 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  96.67 
 
 
86 bp  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0165  tRNA-Ser  96.67 
 
 
88 bp  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  85.48 
 
 
90 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  96.67 
 
 
92 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  96.67 
 
 
91 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0011  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0048  tRNA-Ser  90.24 
 
 
87 bp  50.1  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  85.25 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  84.62 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60420  tRNA-Ser  88.64 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  96.43 
 
 
90 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0002  tRNA-Ser  96.43 
 
 
92 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000138039  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  93.75 
 
 
93 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  96.43 
 
 
93 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0015  tRNA-Ser  96.88 
 
 
90 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.399883  normal  0.370558 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  93.75 
 
 
91 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  96.43 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  96.43 
 
 
93 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  96.43 
 
 
88 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0013  tRNA-Ser  93.75 
 
 
90 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.315866  normal  0.289576 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.3 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  96.3 
 
 
92 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  96.3 
 
 
95 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0043  tRNA-Ser  96.3 
 
 
92 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179868  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0027  tRNA-Ser  96.3 
 
 
92 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309348  tRNA-Ser  96.3 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00366383 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  96.3 
 
 
92 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  96.3 
 
 
91 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0001  tRNA-Ser  96.3 
 
 
89 bp  46.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000514478  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  96.3 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  96.3 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  86.27 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  96.3 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.3235  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  96.15 
 
 
95 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0063  tRNA-Ser  96.15 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>