215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_R0054 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010655  Amuc_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000329774  hitchhiker  1.7085e-24 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 94 bp  56  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 89 bp  56  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 94 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0014  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  96.67 
 
 		 126 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.110057  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178185  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna9  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.475347  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0054  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0039    96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.231561  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0040  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer02  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.111902 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0056  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0268608  normal  0.036349 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0041  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.592847  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 94 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1169  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000109978  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0037  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>