237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_R0038 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    97.78 
 
 		 90 bp  163  9e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  163  9e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  163  9e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  163  9e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  163  9e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  163  9e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  155  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0053  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  92.22 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0308  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  90 
 
 		 92 bp  107  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t35  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309260  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.407902 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0005  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.087026  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309205  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.98258  normal  0.324955 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0016  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000309331  unclonable  0.0000000000000213015 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.417129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0014  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0037  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.489158 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0010  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000388656  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0021  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.146581  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309091  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000625255  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.926323  normal  0.128677 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0936822 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.104175 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.6315500000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>