298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0006 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  186  6e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0007  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 94 bp  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.12584  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 94 bp  123  8e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 94 bp  107  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0043  tRNA-Ser  90.43 
 
 		 93 bp  107  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.569209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0058  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 93 bp  99.6  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.325073  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0008  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 96 bp  87.7  4e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000013912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0068  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 96 bp  87.7  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0018  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 94 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.814887  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 95 bp  85.7  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0005  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 95 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 93 bp  85.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 95 bp  85.7  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0002  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000899468  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 94 bp  83.8  0.000000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0002  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000353165 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 93 bp  83.8  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0014  tRNA-Ser  87.64 
 
 		 96 bp  83.8  0.000000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000019033  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0100  tRNA-Ser  86.46 
 
 		 96 bp  81.8  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.170842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  88.3 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0002  tRNA-Ser  86.32 
 
 		 95 bp  77.8  0.0000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4271  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 95 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  9.700030000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 93 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna105  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000135439  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 95 bp  77.8  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  87.23 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  86.17 
 
 		 93 bp  75.8  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  84.38 
 
 		 96 bp  65.9  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  87.65 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0038  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000026023  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0004  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000366814 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  85.26 
 
 		 94 bp  61.9  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0021  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.724963  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0025  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00144133  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0072  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00236568  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0027  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0054  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000329774  hitchhiker  1.7085e-24 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  84.04 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0009  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 89 bp  60  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0496471  hitchhiker  0.00256028 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0657  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.96086  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  100 
 
 		 126 bp  60  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  60  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>