297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_R0006 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  113  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  95.6  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  79.8  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  85.88 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  85.37 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00055942 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.71316e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0021  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00559548  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  63.9  0.000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0040  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  86.21 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  86.05 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0054  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000000329774  hitchhiker  1.7085e-24 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000154227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0010  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0597346  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  100 
 
 		 126 bp  60  0.00000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0018  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.648957  normal  0.166576 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.107228  normal  0.17939 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.981637  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0037  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 94 bp  60  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t15  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t17  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer02  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.111902 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>