298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0001 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0041  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.592847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0060  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000000115188  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  65.9  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0033  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000207879  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0008  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  8.59905e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.595817 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0033  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000107313  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2055  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.311721  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.317107  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0038  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0035  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0203924  normal  0.277974 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  85.19 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0008  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682729 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000273575 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0340813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0876919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>