290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET_tRNA-Ser-3 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.317107  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_627  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0011  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.796085  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  88.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0876919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2055  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.311721  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000273575 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0340813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0203924  normal  0.277974 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.54444  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0142063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.595817 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.361674  hitchhiker  0.00190717 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0028  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.411326  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000309331  unclonable  0.0000000000000213015 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0936822 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309347  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00233561 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309262  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNASerVIMSS1309150  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.926323  normal  0.128677 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309256  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123875 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309192  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNASerVIMSS1309074  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNASerVIMSS1309125  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0027  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0015  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118719  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.125413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>