298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_R0020 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  131  3e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0075  tRNA-Ser  95 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000273575 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0111  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.44922  hitchhiker  0.0000655456 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.317107  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0876919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_627  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0936822 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0116  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0194907  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2055  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.311721  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0033  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.023989  hitchhiker  0.00746416 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0038  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0435402  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0044  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00838863 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0014  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0203924  normal  0.277974 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.796085  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0340813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0106  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000623575 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.595817 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>