187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmob_R0040 on replicon NC_010003
Organism: Petrotoga mobilis SJ95



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0060  tRNA-Ser  90.11 
 
 
91 bp  109  1e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000000115188  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0033  tRNA-Ser  89.01 
 
 
91 bp  101  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000107313  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0033  tRNA-Ser  87.91 
 
 
91 bp  93.7  7e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000207879  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  88.17 
 
 
93 bp  81.8  0.00000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  87.37 
 
 
95 bp  71.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  84.62 
 
 
91 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  87.1 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  84.62 
 
 
91 bp  69.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0053  tRNA-Ser  86.17 
 
 
94 bp  69.9  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00121332  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  84.62 
 
 
91 bp  69.9  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  84.62 
 
 
91 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  97.3 
 
 
88 bp  65.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  97.3 
 
 
88 bp  65.9  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  97.3 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  86.02 
 
 
93 bp  65.9  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  97.3 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07713  tRNA-Ser  97.22 
 
 
88 bp  63.9  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  84.78 
 
 
92 bp  63.9  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  84.62 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  84.62 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  83.52 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  83.52 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  84.62 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0015  tRNA-Ser  83.52 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118719  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  91.3 
 
 
91 bp  60  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4314  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.650713  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576804  normal  0.691356 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00284743  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0007  tRNA-Ser  92.86 
 
 
94 bp  60  0.00000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000625255  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  91.11 
 
 
92 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  94.59 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  94.59 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  94.59 
 
 
91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  94.59 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  94.59 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  94.59 
 
 
92 bp  58  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  94.59 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  94.59 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  94.59 
 
 
91 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  94.59 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  94.59 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  56  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  100 
 
 
93 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0532  tRNA-Ser  92.5 
 
 
95 bp  56  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.936136  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00413677  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.86368  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0041  tRNA-Ser  94.29 
 
 
91 bp  54  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.592847  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 
92 bp  54  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  96.77 
 
 
90 bp  54  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  96.77 
 
 
95 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  96.77 
 
 
92 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 
97 bp  54  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  96.77 
 
 
90 bp  54  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  96.77 
 
 
90 bp  54  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1742  tRNA-Ser  92.11 
 
 
90 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0902657  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    89.13 
 
 
90 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  96.67 
 
 
91 bp  52  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 
96 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  89.13 
 
 
90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  96.67 
 
 
91 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  89.13 
 
 
90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  96.67 
 
 
93 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  89.13 
 
 
90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  89.13 
 
 
90 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 
91 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  90.48 
 
 
93 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  96.67 
 
 
88 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  89.13 
 
 
91 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  89.13 
 
 
91 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  90.48 
 
 
92 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0004  tRNA-Ser  90.48 
 
 
90 bp  52  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198819  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  89.13 
 
 
90 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  96.67 
 
 
91 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  96.67 
 
 
90 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0471  tRNA-Ser  88.89 
 
 
92 bp  50.1  0.00009  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0037  tRNA-Ser  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.489158 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0014  tRNA-Ser  92.5 
 
 
82 bp  50.1  0.00009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.593204  normal  0.16115 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  91.89 
 
 
88 bp  50.1  0.00009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0055  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267129  decreased coverage  0.00667761 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 
92 bp  50.1  0.00009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  91.89 
 
 
91 bp  50.1  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0053  tRNA-Ser  96.55 
 
 
90 bp  50.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  86.79 
 
 
91 bp  50.1  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNASerVIMSS1309375  tRNA-Ser  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.748623  hitchhiker  0.000994808 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>