297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0008 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  178  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  96.51 
 
 
90 bp  147  5e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  96.51 
 
 
90 bp  147  5e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  94.44 
 
 
90 bp  139  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  95.29 
 
 
90 bp  137  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  97.33 
 
 
90 bp  133  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  96.15 
 
 
90 bp  131  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  94.12 
 
 
90 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  94.12 
 
 
90 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  96 
 
 
90 bp  125  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  92.94 
 
 
90 bp  121  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  92.94 
 
 
90 bp  121  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  92.94 
 
 
90 bp  121  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  92.94 
 
 
90 bp  121  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  92.94 
 
 
90 bp  121  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  92.94 
 
 
90 bp  121  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  90 
 
 
90 bp  107  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  90.59 
 
 
90 bp  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  92.11 
 
 
90 bp  103  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  91.11 
 
 
88 bp  99.6  1e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0016  tRNA-Ser  88.51 
 
 
87 bp  93.7  7e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.116346  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  89.16 
 
 
90 bp  93.7  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  87.78 
 
 
90 bp  91.7  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  88.24 
 
 
90 bp  89.7  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  89.47 
 
 
87 bp  87.7  4e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  89.19 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  86.67 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  86.67 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    87.06 
 
 
90 bp  81.8  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  87.06 
 
 
90 bp  81.8  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  87.06 
 
 
90 bp  81.8  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  81.8  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  100 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  86.21 
 
 
92 bp  77.8  0.0000000000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  85.56 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  85.88 
 
 
90 bp  73.8  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  85.88 
 
 
92 bp  73.8  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  85.88 
 
 
90 bp  73.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  85.23 
 
 
90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  88.89 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0035  tRNA-Ser  85.06 
 
 
87 bp  69.9  0.0000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1188  tRNA-Ser  97.44 
 
 
93 bp  69.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0001  tRNA-Ser  86.67 
 
 
91 bp  69.9  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  87.14 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  97.37 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  87.14 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  87.14 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  97.37 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  84.44 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  87.14 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  86.49 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  86.49 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  97.3 
 
 
88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  97.3 
 
 
86 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  97.3 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  97.3 
 
 
86 bp  65.9  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  97.3 
 
 
88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  97.3 
 
 
92 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  97.3 
 
 
88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  97.3 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  97.3 
 
 
88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  97.3 
 
 
88 bp  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  97.22 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  97.22 
 
 
88 bp  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  95 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  97.22 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  95 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  84.52 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  95 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  95 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  97.22 
 
 
88 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  91.67 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0055  tRNA-Ser  95 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.362894 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  95 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  97.22 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  90.2 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  94.87 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  94.87 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  90.2 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  90.2 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  90.2 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  90.2 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  90.2 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  90.2 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  90.2 
 
 
91 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>