298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0043 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 90 bp  133  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    94.51 
 
 		 90 bp  133  7.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 90 bp  133  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 90 bp  133  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 90 bp  133  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 90 bp  133  7.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  92.05 
 
 		 87 bp  111  3e-23  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  89.29 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0471  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 92 bp  81.8  0.00000000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 92 bp  77.8  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0165  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  65.9  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer03  tRNA-Ser  91.84 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.666732 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  84.09 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0017  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  85.87 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0009  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 95 bp  60  0.00000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  60  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_006368  lppt13  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0019  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00282273 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>