250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_R0005 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  188  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  92.63 
 
 		 92 bp  109  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0005  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 96 bp  95.6  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  88.54 
 
 		 92 bp  73.8  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0011  tRNA-Ser  87.37 
 
 		 92 bp  69.9  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.785527  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0009  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 94 bp  65.9  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000273575 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.368592 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 96 bp  60  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0034  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 96 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0010  tRNA-Ser  83.16 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000239183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.025626  hitchhiker  0.00000743472 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  58  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00121332  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00119077  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0054  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.582085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.5837599999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0006  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 96 bp  54  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0056  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.300802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0015  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00859623  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0018  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0047  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.740816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0050  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0051  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.267767  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0044  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0071  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.612949  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0001  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0042  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0039  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.801401  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.317107  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4577  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2055  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.311721  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0014  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 94 bp  50.1  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0031  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0876919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0011  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.796085  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0008  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 89 bp  50.1  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.323881 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0041  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.562002  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0052  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0029  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 95 bp  50.1  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0203924  normal  0.277974 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_627  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0052  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 96 bp  50.1  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0340813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0011  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>