270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_R0036 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  97.8 
 
 		 91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  97.8 
 
 		 91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  97.8 
 
 		 91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 91 bp  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 91 bp  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 91 bp  157  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 91 bp  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 91 bp  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 91 bp  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  96.7 
 
 		 91 bp  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  96.59 
 
 		 88 bp  151  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 90 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 90 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 90 bp  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 90 bp  141  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 90 bp  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 90 bp  141  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  94.51 
 
 		 91 bp  141  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 90 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  95.6 
 
 		 90 bp  141  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  93.41 
 
 		 91 bp  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 91 bp  103  7e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0041  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.142753  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  90.77 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0055  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317124  normal  0.494486 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0019  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0043  tRNA-Ser  89.58 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.710531 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02690  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.599018  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0008  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 89 bp  54  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  84 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0471  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0060  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pseudo-1  tRNA-OTHER  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.526537  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt19  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0002  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0188639 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0020  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716898  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0010  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.314795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309197  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.159743  normal  0.113678 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000331013  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2161  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000713726  normal  0.978327 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4672  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000507057  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0993  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000644963  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0015  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2818  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000985587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0969  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000352025  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2065  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000178932  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>