253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0030 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  91.95 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  89.77 
 
 		 88 bp  103  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  58  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  54  0.000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.54444  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  82.42 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0532  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 95 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.936136  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0031  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.110532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>