138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0062 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 93 bp  79.8  0.0000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4308  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0056  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0054  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0045  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0004  tRNA-Ser  95 
 
 		 93 bp  63.9  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0658061 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0006  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.123019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0007  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 87 bp  58  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  91.11 
 
 		 126 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  54  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.54444  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0005  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0044  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00564577 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0059  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.686612  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0005  tRNA-Ser  83.58 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.933104  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNASerVIMSS1309197  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.159743  normal  0.113678 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>