252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna38 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna38  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0030  tRNA-Ser  98.9 
 
 		 91 bp  172  9e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0038  tRNA-Ser  98.63 
 
 		 91 bp  137  5e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0038  tRNA-Ser  98.63 
 
 		 91 bp  137  5e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0025  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000078606  normal  0.16194 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0050  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 90 bp  81.8  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0567726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0004  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01162  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.16947 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0037  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.552726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0044  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.417846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0046  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40906  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 89 bp  73.8  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0034  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0467968  normal  0.352818 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0018  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0006  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0026  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0039  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0837952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0049  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0044  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.656811 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0037  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.244587  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0057  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0049  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430745  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0052  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0023  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000401861 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0041  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0730439  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0006  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0051  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0008  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682729 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4609  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0001  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.981732 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  60  0.00000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0026  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23198  normal  0.0533139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0059  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52560  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00373165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.642958  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA5  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0419374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0008    96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0798492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0058  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.645587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0002  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0003  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0016  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0009  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.4364  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0061  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.318482  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1783  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.762858  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0017  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  52  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.54444  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>