233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0044 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  123  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  91.95 
 
 		 91 bp  109  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  90.11 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  90.59 
 
 		 91 bp  97.6  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 90 bp  93.7  7e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  94.55 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  94.55 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  94.55 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0742703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4596  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.715121  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1359  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.89612  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1302  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0470905  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000237052  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0020  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000279597  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0020  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474391  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    84.51 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 97 bp  54  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0038  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  84.51 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0008  tRNA-Ser  87.04 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.497275  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2323  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  83.78 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0068  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504463 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0039  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  83.78 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0008  tRNA-Ser  87.04 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  85.25 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0033  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.374525 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0016  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25212  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0058  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0067  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.978703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0037  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0008  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0026  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0029  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0009  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.56396 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0051  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000406758  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0026  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0035  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.0387862 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0009  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0314444  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0015  tRNA-Ser  83.52 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109725  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0046  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000102929  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0006  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0026  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.199991  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0025  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0060  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0238234  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0004  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>