160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_AR0047 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  98.63 
 
 		 91 bp  137  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0036  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 91 bp  117  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688413  normal  0.378449 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0044  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0213479 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0035  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.802654  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0041  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.589584  normal  0.364354 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0024  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0047  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.327618  normal  0.0398256 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0048  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0101109  normal  0.0876341 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0049  tRNA-Ser  91.21 
 
 		 90 bp  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03460  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.12073  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0034  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0024  tRNA-Ser  89.01 
 
 		 91 bp  101  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.220366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0059  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000963378  hitchhiker  0.00000000000285313 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0030  tRNA-Ser  90.22 
 
 		 91 bp  95.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00350968  decreased coverage  0.0000118989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0029  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.467256 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0033  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.597346 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0016  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.504392 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0035  tRNA-Ser  90.41 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0019  tRNA-Ser  90.41 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.698383 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0042  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  87.7  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.399999  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0070  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.399314  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1941  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2014  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0295784  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0785  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1078  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381421  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0631  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.985518  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0533  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2051  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.244521  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0030  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  79.8  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.191497  normal  0.473607 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0052  tRNA-Ser  87.67 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0021  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0175926  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0040  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0008  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0008  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.497275  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0034  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.626616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 97 bp  60  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000328562  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  86.15 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0006  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 92 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000844947  hitchhiker  0.0000061408 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt17  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0032  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00891342 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0039  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0742703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0008  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0007  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.715121  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0014  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.359735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0060  tRNA-Ser  88.68 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0012  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0470905  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0005  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0010  tRNA-Ser  90.57 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.314795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1302  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1359  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.89612  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0006  tRNA-Ser  83.7 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000860706  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0097  tRNA-Ser  82.61 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0107664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  82.5 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0004  tRNA-Ser  82.61 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0005  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 95 bp  48.1  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000565734  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0045  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0039  tRNA-Ser  86.44 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.426198 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0039  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000237052  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0038  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1364  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0053  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.163245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0033  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.985807  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0004  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.442962  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0033  tRNA-Ser  83.1 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000107313  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0062  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt18  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt13  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0035  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.135088  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0003  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 96 bp  44.1  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000368524  hitchhiker  0.00000112362 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0041  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0253572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0002  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00386906  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0046  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 94 bp  44.1  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.506638  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>