57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1364 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1364  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0050  tRNA-Ser  95.77 
 
 		 88 bp  109  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.628519  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04530  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.303031  normal  0.07409 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0008  tRNA-Ser  97.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.16929  normal  0.203925 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0059  tRNA-Ser  97.62 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00383957  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0008  tRNA-Ser  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0005  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.64663 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14042  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.417053 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0008  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0008  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0053  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0980928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0060  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.948635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0055  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0008  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.497275  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0056  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.133866  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0007  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 87 bp  71.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0169683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0007  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0008  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.602453  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0010  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0007  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2323  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.308091 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36870  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.339206  normal  0.059876 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0004  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26020  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1368  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0029  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23919  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.179799  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0047  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0212707  normal  0.0426305 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t30  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232606  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0040  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1765  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.393275  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2089  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.835616  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0060  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.472015 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0333469  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>