88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_04530 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_04530  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.303031  normal  0.07409 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0008  tRNA-Ser  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0005  tRNA-Ser  96.63 
 
 		 90 bp  153  8e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.64663 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0007  tRNA-Ser  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0169683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0007  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0007  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0008  tRNA-Ser  89.33 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.16929  normal  0.203925 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14042  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.417053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1364  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0980928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.948635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.133866  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00383957  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0008  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0008  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.497275  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0050  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.628519  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0008  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.602453  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0010  tRNA-Ser  97.62 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36870  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.339206  normal  0.059876 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0004  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0009  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0015  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.369834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26020  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0020  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0034  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.152108  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0060  tRNA-Ser  85.94 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2323  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0015  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer03  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.666732 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.250098  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0013  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.694217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R29  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.274063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0066  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  44.1  0.006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>