167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0034 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.152108  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0020  tRNA-Ser  98.89 
 
 		 90 bp  170  4e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0015  tRNA-Ser  93.26 
 
 		 90 bp  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0013  tRNA-Ser  92.77 
 
 		 90 bp  117  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.694217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0091  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000323323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 93 bp  67.9  0.0000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0042  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000190684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0042  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  83.72 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.0000142144  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04530  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.303031  normal  0.07409 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  89.36 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  94.29 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0015  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.369834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01840  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0008  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0064  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0065  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0087  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000189881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0009  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0165  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  83.82 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0056  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506019  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>