299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_R0040 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  87.21 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  97.73 
 
 		 91 bp  79.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 88 bp  69.9  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0042  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000190684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0061  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0952351  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 91 bp  65.9  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna009  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0043  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0965121  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03029  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0007  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06826  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna117  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05459  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0069  tRNA-Ser  93.62 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna016  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000103361  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00325  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna043  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1109t  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.060013  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1106t  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3159t  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1123t  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>