174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_R0032 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0042  tRNA-Ser  95.6 
 
 
91 bp  149  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000190684  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  95.6 
 
 
91 bp  149  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  91.3 
 
 
91 bp  89.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  91.3 
 
 
91 bp  89.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  91.3 
 
 
91 bp  89.7  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0064  tRNA-Ser  88.24 
 
 
91 bp  89.7  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0065  tRNA-Ser  88.24 
 
 
91 bp  89.7  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0087  tRNA-Ser  88.24 
 
 
91 bp  89.7  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000189881  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  89.7  1e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  83.8  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2352  tRNA-Ser  88.89 
 
 
91 bp  79.8  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.488752  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2353  tRNA-Ser  88.89 
 
 
91 bp  79.8  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.448422  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2705  tRNA-Ser  88.89 
 
 
91 bp  79.8  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.296774  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  77.8  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  75.8  0.000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0091  tRNA-Ser  85.88 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000323323  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  92.45 
 
 
91 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  97.5 
 
 
90 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  97.44 
 
 
87 bp  69.9  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  97.37 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  95.12 
 
 
88 bp  65.9  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  93.33 
 
 
91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  93.33 
 
 
91 bp  65.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  95 
 
 
87 bp  63.9  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  95 
 
 
88 bp  63.9  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  95 
 
 
88 bp  63.9  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  94.87 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  94.87 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  94.87 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  94.87 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  94.87 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  94.87 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  94.87 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  94.87 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  94.87 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0034  tRNA-Ser  97.14 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.152108  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  94.87 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  94.87 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  94.87 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  94.87 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  94.87 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  94.87 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  92.86 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  92.86 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  88.71 
 
 
93 bp  60  0.00000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  94.59 
 
 
126 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  94.59 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  94.59 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  92.5 
 
 
85 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  94.44 
 
 
88 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0015  tRNA-Ser  94.44 
 
 
90 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>