173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_R0022 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  90 
 
 		 90 bp  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0042  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  91.03 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  91.14 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  91.14 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  91.14 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 91 bp  83.8  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0042  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000190684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  97.78 
 
 		 91 bp  81.8  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  92.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  92.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  92.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  92.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  92.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  92.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  92.73 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  95.65 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 91 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0069  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0061  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0952351  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 87 bp  69.9  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  97.3 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  95 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0064  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0065  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0087  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000189881  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2352  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.488752  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2353  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.448422  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2705  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.296774  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 93 bp  60  0.00000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0034  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.152108  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0007  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0091  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000323323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0043  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0965121  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>