99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_R0087 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_R0087  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000189881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0065  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0064  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0042  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000190684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0091  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000323323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  90.38 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0015  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.399883  normal  0.370558 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  87.72 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  87.72 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  84.21 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0042  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0034  tRNA-Ser  88.24 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.248772  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4242  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.139053  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3212  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000867673  hitchhiker  0.00385605 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0034  tRNA-Ser  83.53 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.152108  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0070  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0005  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  84.72 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2352  tRNA-Ser  85.45 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.488752  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2353  tRNA-Ser  85.45 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.448422  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2705  tRNA-Ser  85.45 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.296774  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0054  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000530132  hitchhiker  0.00450232 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0045  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  88.1 
 
 		 126 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  44.1  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0658061 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>