232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_R0081 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  97.8 
 
 
91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  97.8 
 
 
91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  97.8 
 
 
91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  97.8 
 
 
91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  97.8 
 
 
91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  97.8 
 
 
91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  97.8 
 
 
91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  97.8 
 
 
91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  97.8 
 
 
91 bp  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  97.78 
 
 
91 bp  163  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  97.78 
 
 
91 bp  163  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  97.78 
 
 
91 bp  163  9e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  92.41 
 
 
91 bp  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  92.41 
 
 
91 bp  109  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  92.41 
 
 
91 bp  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  92.41 
 
 
91 bp  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  92.41 
 
 
91 bp  109  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0061  tRNA-Ser  90.11 
 
 
91 bp  109  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0952351  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  92.41 
 
 
91 bp  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  93.06 
 
 
91 bp  103  7e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  93.06 
 
 
91 bp  103  7e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  91.67 
 
 
91 bp  95.6  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  95.6  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  91.67 
 
 
91 bp  95.6  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  89.87 
 
 
91 bp  93.7  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  89.87 
 
 
91 bp  93.7  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  89.87 
 
 
91 bp  93.7  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0091  tRNA-Ser  87.91 
 
 
91 bp  93.7  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000323323  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  89.87 
 
 
91 bp  93.7  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  90.28 
 
 
91 bp  87.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  90.28 
 
 
91 bp  87.7  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  90.28 
 
 
91 bp  87.7  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  87.91 
 
 
90 bp  85.7  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  97.78 
 
 
90 bp  81.8  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  95.83 
 
 
90 bp  79.8  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  95.74 
 
 
90 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  95.74 
 
 
90 bp  77.8  0.0000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0064  tRNA-Ser  85.71 
 
 
91 bp  77.8  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0065  tRNA-Ser  85.71 
 
 
91 bp  77.8  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0087  tRNA-Ser  85.71 
 
 
91 bp  77.8  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000189881  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  95.45 
 
 
88 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    95.45 
 
 
90 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  93.75 
 
 
90 bp  71.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  93.75 
 
 
90 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  93.75 
 
 
90 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  95.45 
 
 
90 bp  71.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  95.45 
 
 
90 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  85.71 
 
 
90 bp  69.9  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  90.74 
 
 
91 bp  67.9  0.0000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  92 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  93.48 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  93.48 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  92 
 
 
90 bp  67.9  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0059  tRNA-Ser  97.37 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  93.48 
 
 
88 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  93.33 
 
 
90 bp  65.9  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  93.18 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  93.18 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  86.11 
 
 
91 bp  63.9  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  86.11 
 
 
91 bp  63.9  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  93.18 
 
 
92 bp  63.9  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  91.49 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  90.2 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  91.49 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  93.02 
 
 
92 bp  61.9  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  93.02 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  91.3 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  92.86 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0042  tRNA-Ser  88.89 
 
 
91 bp  60  0.00000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000190684  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  91.3 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  91.3 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  88.89 
 
 
91 bp  60  0.00000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  91.3 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  91.3 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  91.3 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>