182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_R0042 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 
88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  94.32 
 
 
88 bp  135  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  89.77 
 
 
88 bp  103  7e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  89.77 
 
 
88 bp  103  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  89.77 
 
 
88 bp  103  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  89.77 
 
 
88 bp  103  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  89.77 
 
 
88 bp  103  7e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  89.77 
 
 
88 bp  103  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  89.77 
 
 
88 bp  103  7e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  89.77 
 
 
88 bp  103  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  89.77 
 
 
88 bp  103  7e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  88.64 
 
 
88 bp  95.6  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  88.64 
 
 
88 bp  95.6  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  92.19 
 
 
88 bp  87.7  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  87.5 
 
 
88 bp  87.7  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0043  tRNA-Ser  97.92 
 
 
88 bp  87.7  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0965121  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0007  tRNA-Ser  97.87 
 
 
88 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  86.36 
 
 
88 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  86.36 
 
 
88 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  86.36 
 
 
88 bp  79.8  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  86.36 
 
 
88 bp  79.8  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  97.67 
 
 
90 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  97.67 
 
 
90 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  97.67 
 
 
90 bp  77.8  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  87.67 
 
 
88 bp  73.8  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  97.5 
 
 
91 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  89.06 
 
 
88 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  97.44 
 
 
90 bp  69.9  0.00000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  97.44 
 
 
91 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0027  tRNA-Ser  89.66 
 
 
88 bp  67.9  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.233684  normal  0.0829519 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3212  tRNA-Ser  88.33 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000867673  hitchhiker  0.00385605 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  95 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0070  tRNA-Ser  88.33 
 
 
88 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4242  tRNA-Ser  88.33 
 
 
90 bp  63.9  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.139053  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0044  tRNA-Ser  91.49 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454359  normal  0.450062 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0008  tRNA-Ser  91.49 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0010  tRNA-Ser  91.49 
 
 
88 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  86.49 
 
 
90 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  89.39 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  89.39 
 
 
90 bp  60  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  92.86 
 
 
91 bp  60  0.00000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  92.86 
 
 
91 bp  60  0.00000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1106t  tRNA-Ser  92.68 
 
 
88 bp  58  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3159t  tRNA-Ser  92.68 
 
 
88 bp  58  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3157t  tRNA-Ser  92.68 
 
 
88 bp  58  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  85.51 
 
 
88 bp  58  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0028  tRNA-Ser  94.59 
 
 
88 bp  58  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.208638  hitchhiker  0.00938841 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  58  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.369834  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1111t  tRNA-Ser  92.68 
 
 
88 bp  58  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.797073  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1123t  tRNA-Ser  92.68 
 
 
88 bp  58  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  85.51 
 
 
88 bp  58  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1109t  tRNA-Ser  92.68 
 
 
88 bp  58  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.060013  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt19  tRNA-Ser  94.44 
 
 
88 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00413231 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2352  tRNA-Ser  92.5 
 
 
91 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.488752  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2353  tRNA-Ser  92.5 
 
 
91 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.448422  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2705  tRNA-Ser  92.5 
 
 
91 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.296774  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  92.5 
 
 
90 bp  56  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0046  tRNA-Ser  94.44 
 
 
85 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  92.5 
 
 
90 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  82.95 
 
 
88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  82.95 
 
 
88 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0069  tRNA-Ser  95 
 
 
91 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  92.31 
 
 
91 bp  54  0.000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>