118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_R0015 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.369834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 90 bp  91.7  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 90 bp  83.8  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  85.56 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  87.78 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  84.27 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0016  tRNA-Ser  87.3 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.116346  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0010  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0026  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.580647  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0027  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.896039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  84.44 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0029  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0695798 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0468  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.341382  normal  0.773631 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04530  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.303031  normal  0.07409 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  83.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0042  tRNA-Ser  85.94 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  83.78 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0013  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.694217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  83.78 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0005  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.507885  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6557  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.209709  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0034  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.152108  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  83.78 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 92 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0020  tRNA-Ser  96.67 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  82.22 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>