221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_tSer03 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008309  HS_tSer03  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000286931  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0046  tRNA-Ser  92.19 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557666 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0056  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000159077  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0049  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0043  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0038  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.64209  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0058  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.345279  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0047  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 88 bp  77.8  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.047697  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  87.84 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0001  tRNA-Ser  87.06 
 
 		 91 bp  73.8  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0038  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0957945 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  89.06 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0414  tRNA-Ser  95.45 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.897542  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0064  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0045  tRNA-Ser  86.08 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.103835  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.813738  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0020  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0034  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.152108  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0051  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0041  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.985035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0042  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.760649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1628  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100437  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2548  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.221952  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  88.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t061  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.011458  hitchhiker  0.000000339916 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t031  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t032  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t044  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0062  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00255663  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t070  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0130156  normal  0.270394 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  97.06 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0072  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000100373  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0070  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000322089  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0080  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000427026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0081  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000367206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0091  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00307776  normal  0.28235 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0080  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000011536  normal  0.292608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0081  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000139666  normal  0.289592 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0099  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.70942  hitchhiker  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0077  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  normal  0.199277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0078  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000673855  normal  0.197197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0088  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00139579  hitchhiker  0.0000269185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0059  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000119289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0060  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000594401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0071  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000718864  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0081  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.147278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t060  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00263589  hitchhiker  0.000000337052 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t059  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000191448  hitchhiker  0.0000692537 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  88.71 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0044  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00391672  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0060  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0407433  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0061  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00295875  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0062  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000500445  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0072  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0140823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0080  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.247761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0082  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00228786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0040  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0094275  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0041  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00826938  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0060  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 91 bp  60  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0136432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00325  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2352  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.488752  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2353  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.448422  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2705  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.296774  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06826  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28090  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0016  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0019  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0016  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0019  tRNA-Ser  95.12 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05459  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03029  tRNA-Ser  96.97 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>