116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0008 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.602453  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0010  tRNA-Ser  98.82 
 
 		 88 bp  161  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0059  tRNA-Ser  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00383957  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0007  tRNA-Ser  92.77 
 
 		 90 bp  111  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0005  tRNA-Ser  92.77 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.64663 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0008  tRNA-Ser  91.36 
 
 		 90 bp  99.6  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.16929  normal  0.203925 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36870  tRNA-Ser  90.12 
 
 		 88 bp  97.6  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.339206  normal  0.059876 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0050  tRNA-Ser  96.36 
 
 		 88 bp  93.7  6e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.628519  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0007  tRNA-Ser  91.57 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0169683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0056  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 91 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.133866  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0055  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 91 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0060  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 91 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.948635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0053  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 91 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0980928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0008  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 91 bp  91.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0008  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14042  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  87.7  4e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.417053 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0008  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 87 bp  87.7  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.497275  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0002  tRNA-Ser  93.22 
 
 		 88 bp  85.7  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0004  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0060  tRNA-Ser  91.55 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04530  tRNA-Ser  89.16 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.303031  normal  0.07409 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0007  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0008  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0053  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.308091 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0008  tRNA-Ser  87.95 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26020  tRNA-Ser  87.36 
 
 		 90 bp  69.9  0.00000000009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1364  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0018  tRNA-Ser  86.96 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0208522  hitchhiker  0.00000010286 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  95 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0141  tRNA-Ser  86.76 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0066  tRNA-Ser  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0076  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  94.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  85.51 
 
 		 88 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.602947  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0089  tRNA-Ser  85.92 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2234  tRNA-Ser  85.29 
 
 		 90 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0064  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000759704  normal  0.0478316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0040  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.469236  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0048  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0049  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000614407  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0059  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00759198  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t084  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0175155  normal  0.0606382 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t038  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0086  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0257958  normal  0.0951833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0086  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0207844  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0083  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0290175  normal  0.180812 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0073  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000286061  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1765  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.393275  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2089  tRNA-Ser  84.06 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.835616  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0007  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  50.1  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  50.1  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0011  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  90 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0010  tRNA-Ser  82.76 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  90 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0048  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0798542  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0047  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0287  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000949487  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0043  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.027845  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0044  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0279967  normal  0.0982553 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0082  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.338045  normal  0.030593 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0040  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.851223  normal  0.588712 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0022  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3166t  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.197881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03320  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0040  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0044  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0051  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00319398  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0055  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0043  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00175988  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0048  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  89.74 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0009  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>