76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_36870 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_36870  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.339206  normal  0.059876 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0007  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  115  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0010  tRNA-Ser  91.57 
 
 		 88 bp  109  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0008  tRNA-Ser  90.12 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.602453  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0059  tRNA-Ser  90.54 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00383957  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0055  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0060  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.948635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0053  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0980928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0008  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0056  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 91 bp  89.7  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.133866  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14042  tRNA-Ser  88.37 
 
 		 90 bp  85.7  0.000000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.417053 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309256  tRNA-Ser  96 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.123875 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0007  tRNA-Ser  88.51 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0169683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0008  tRNA-Ser  90.67 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.16929  normal  0.203925 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0002  tRNA-Ser  90.32 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0005  tRNA-Ser  86.52 
 
 		 90 bp  75.8  0.000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.64663 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04530  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.303031  normal  0.07409 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0066  tRNA-Ser  87.69 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0003  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0004  tRNA-Ser  84.71 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  88.57 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0008  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03510  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.608877  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1969  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156913  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0059  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0008  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.497275  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0053  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0076  tRNA-Ser  88.06 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0008  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 87 bp  54  0.000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0053  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0350418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3020  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.419002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2954  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876099  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1581  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.151315  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2643  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3054  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0810  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0309716  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.57943  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26020  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  87.14 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0003  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000641066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4306  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0089  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0070  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0060  tRNA-Ser  86.49 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0015  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0017  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0031  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.183154  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0050  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.628519  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0053  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.308091 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0008  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1364  tRNA-Ser  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0054  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0007  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03320  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0059  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.98639 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0005  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.14693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0011  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.000000115188  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27990  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0007  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0010  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0020  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.178349  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.033813  hitchhiker  0.00000161401 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0116  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0063  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0023  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  90.48 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0039  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 91 bp  44.1  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0046  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 92 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00112591  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0026  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  88.1 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>