50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0053 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.308091 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0060  tRNA-Ser  96.63 
 
 		 90 bp  153  8e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0089  tRNA-Ser  94.38 
 
 		 90 bp  137  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0076  tRNA-Ser  93.1 
 
 		 87 bp  125  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0002  tRNA-Ser  93.26 
 
 		 88 bp  113  7.000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0007  tRNA-Ser  93.15 
 
 		 90 bp  105  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0066  tRNA-Ser  91.95 
 
 		 85 bp  101  3e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0008  tRNA-Ser  95.24 
 
 		 90 bp  101  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.16929  normal  0.203925 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0062  tRNA-Ser  89.66 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0010  tRNA-Ser  90.41 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0008  tRNA-Ser  88.73 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.602453  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0007  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0169683  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0005  tRNA-Ser  87.3 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.64663 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0072  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0059  tRNA-Ser  92.59 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00383957  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0008  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.497275  hitchhiker  0.00175385 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0054  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.40887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0004  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0007  tRNA-Ser  90.74 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0059  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.826409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0008  tRNA-Ser  85.14 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0007  tRNA-Ser  86.89 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0060  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.948635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0056  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.133866  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0055  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0053  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0980928  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0008  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0061  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0006  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.033813  hitchhiker  0.00000161401 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36870  tRNA-Ser  86.3 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.339206  normal  0.059876 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0030  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.993805 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1364  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14042  tRNA-Ser  84.13 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.417053 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.628519  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0065  tRNA-Ser  89.09 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.773691 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0088  tRNA-Ser  89.09 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  NMAR_2  tRNA-OTHER  100 
 
 		 124 bp  44.1  0.006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.114787 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0053  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451369  hitchhiker  0.000135525 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0004  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0009  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00450491 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0008  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.443501 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_R0008  tRNA-Leu  100 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0075  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0008  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0007  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.846387  normal  0.194729 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0010  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.314795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0003  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 89 bp  44.1  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000352958  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0009  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 85 bp  44.1  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>