52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_R0065 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014165  Tbis_R0065  tRNA-Ser  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.773691 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0007  tRNA-Ser  98.84 
 
 
88 bp  155  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0088  tRNA-Ser  95.35 
 
 
89 bp  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0054  tRNA-Ser  96.51 
 
 
88 bp  139  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.40887  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0075  tRNA-Ser  95.35 
 
 
88 bp  131  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0072  tRNA-Ser  95.35 
 
 
88 bp  131  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0011  tRNA-Ser  93.02 
 
 
85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.213585  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0004  tRNA-Ser  94.59 
 
 
85 bp  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0008  tRNA-Ser  90.7 
 
 
88 bp  99.6  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.443501 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0009  tRNA-Ser  90.7 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450491 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0009  tRNA-Ser  90.7 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0061  tRNA-Ser  91.89 
 
 
85 bp  91.7  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0059  tRNA-Ser  89.77 
 
 
87 bp  79.8  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.826409  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0053  tRNA-Ser  96 
 
 
88 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.451369  hitchhiker  0.000135525 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0034  tRNA-Ser  87.21 
 
 
88 bp  75.8  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0009  tRNA-Ser  87.21 
 
 
88 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0007  tRNA-Ser  96 
 
 
88 bp  75.8  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.846387  normal  0.194729 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0008  tRNA-Ser  96 
 
 
89 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0010  tRNA-Ser  96 
 
 
89 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.314795  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0008  tRNA-Ser  87.84 
 
 
88 bp  67.9  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0008  tRNA-Ser  92 
 
 
89 bp  60  0.00000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1402  tRNA-Ser  84.88 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28870  tRNA-Ser  83.72 
 
 
88 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.132157  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0052  tRNA-Ser  83.72 
 
 
85 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.407966  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02690  tRNA-Ser  90 
 
 
86 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.599018  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0088  tRNA-Ser  90.48 
 
 
88 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.632299  hitchhiker  0.00150076 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0041  tRNA-Leu  93.55 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0532  tRNA-Ser  100 
 
 
95 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.936136  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154466  normal  0.0269773 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0055  tRNA-Ser  83.91 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0827616  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0053  tRNA-Ser  89.09 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.308091 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14041  tRNA-Ser  83.91 
 
 
89 bp  46.1  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.197809 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0008  tRNA-Ser  89.09 
 
 
90 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0054  tRNA-Ser  83.91 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0015  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0051    100 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0069  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.234081 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0008  tRNA-Ser  88 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0053  tRNA-Ser  88 
 
 
89 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25970  tRNA-Ser  88 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928958  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0009  tRNA-Ser  88 
 
 
85 bp  44.1  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.528641  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0059  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00925485  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0471  tRNA-Ser  100 
 
 
92 bp  44.1  0.005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0043  tRNA-Ser  100 
 
 
91 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.106219  normal  0.177899 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0051  tRNA-Ser  93.33 
 
 
88 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0333469  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.888303  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA6  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  100 
 
 
90 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0009  tRNA-Ser  88 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.503093  normal  0.84111 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0059  tRNA-Ser  88 
 
 
86 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0162637  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>